Das CCC MF ist eine gemeinsame Einrichtung des Universitätsklinikums und der Universität Würzburg.
Es wird im Rahmen der CCC Allianz WERA als "Onkologisches Spitzenzentrum der Deutschen Krebshilfe" gefördert: Die CCC Allianz WERA ist ein Zusammenschluss der Comprehensive Cancer Center in Würzburg, Erlangen, Regensburg und Augsburg. Ziel der Allianz ist der Ausbau national und international kompetitiver Forschungsverbünde und standortübergreifender multidisziplinärer Spitzenmedizin.
Die CCC Allianz WERA wurde im Februar 2023 zum offiziellen NCT-Standort durch das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) ernannt: Das NCT WERA kann zukünftig mit bis zu 14,5 Millionen Euro pro Jahr durch das BMBF und den Freisataat Bayern gefördert werden.
Das CCC MF ist außerdem eines der beteiligten Zentren des Bayerischen Zentrums für Krebsforschung (BZKF).